Program IMTAQ di SIT Al-Madinah merupakan serangkaian kegiatan unggulan yang dirancang untuk mengembangkan spiritualitas dan kecerdasan peserta didik. Program-program tersebut meliputi Tilawati, yang fokus pada pembelajaran membaca Al-Qur'an, Munaqosah sebagai diskusi mendalam mengenai materi keagamaan, Kubro untuk kajian bersama, serta Katabah yang berfokus pada Kajian Kitab Akhlak dan Fiqih Ibadah. Selain itu, terdapat MMA (Murajaah, Munaqosah, dan Amaliah) sebagai metode pembelajaran interaktif, Ngaoz (Ngaji On The Zoom) yang memfasilitasi pembelajaran daring, dan LDS (Lembaga Dakwah Siswa) yang bertujuan untuk mengembangkan dakwah di kalangan siswa. Semua program ini bertujuan untuk membentuk karakter yang kuat dan meningkatkan spiritualitas siswa.